Alors que les tensions montent entre Amestris et Shambala, la terre des Ishbals. La chose qui déclencha cette guerre, c'est qu'un officier de l'armée assassina une petite fille, et à cause de ça, la guerre éclata entre eux. Tout les alchimistes , les soldats ainsi que tout ce qui pouvait se battre furent envoyé là-bas, pour mettre fin à cette révolte.
Dans l'ombre, les scientifiques, en utilisant des vies humaines Ishbals, Créèrent une sorte de pierre philosophale,donné aux alchimistes pour se battre,et leur pouvoir grâce à celle-ci furent décuplés à tel point que certains durent être enfermé,car sa leur avait monté à la tête. Un vrai massacre, que certains n'oublieront jamais...
La guerre finie, gagnée par Amestris, les soldats repartirent chez eux, mais depuis ce jour, des événements étranges se déroule dans la capitale des vainqueurs,ce qui n'est pas pour les rassurer...